Ne zna se mnogo o boravku Rimske vojske na prostoru koji je pripadao antičkom Naissusu. Iz šturih pisanih svedočanstava i artefakata koji su pronađeni na ovim prostorima tek se naziru obrisi rimskog vojnog ustrojstva. Tu je pre svega nezaobilazna „Notitia Dignitatum“ koja je takoreći najpouzdaniji izvor iz koga se tumače podaci vezani za ove i okolne prostore. Zatim, tu su spomenici koji govore da je Naissus bio veliki rimski vojni centar. Na pronađenim spomenicima dvojice pripadnika vojnih pomoćnih odreda, 1888. i 1962. god. prilikom istraživanja, govori se da je I rimska kohorta Kilićana (Cohors I Cilicum) imala svoj logor u Nišu sve do 134. god . kasnije je ona prebačena na Dunav u logor kod mesta Egeta (koji je danas Brza Palanka). Sa jednog drugog spomenika koji je podignut veteranu Tiberiju Klaudiju Valeriju, vojniku kohorte Krićana (Cohors I Cretum), saznaje se o prisustvu i ovog rimskog bataljona u Naissusu oko 93. god. koji je kasnije 110. god. prebačen u Panoniju. I imamo zabeleženu bitku kod Naissusa protiv najezde Gota septembra meseca 268 godine.
Ono što je bio primarni cilj stacioniranja rimske vojske u Naissusu pre svega je blizina limesa na Dunavu koji je pojačavan iznutra spremnim trupama. U doba Domicijana (81-96.) počelo se sa utvrđivanjem granice i izgradnjom limesa. Bili su to u osnovi granični putevi zaštićeni rovovima i bedemom, zidovima i palisadama a snabdeveni potrebnim osmatračnicama. To je više služilo kontroli granica nego stvarnoj odbrani. Limesi su organizovani uglavnom duž velikih reka, duž Rajne, Dunava i drugih većih prirodnih prepreka. U neposrednoj blizini granične linije podizani su kasteli-manja utvrdjenja koji su bili podrška graničnim pomoćnim trupama ponekad i u više linija dok su operativne trupe postavljane periferno u stalnim vojnim logorima na većim međusobnim odstojanjima, negde i na više stotina kilometararazmaka. Prilikom upada varvara na rimsku teritoriju, oni su najpre morali da svladaju prirodnu prepreku, a onda bi nailazili na otpor graničnih trupa. Ove trupe mogle su da odbace manje pljačkaške horde, ali prilikom nailaska veće grupe varvara nastojale su da ih zadržavaju dok ne stigne najbliža legija iz svog stalnog logora. Tako je dolazak Rimske vojske na ove prostore bio direktno motivisan obezbeđenjem severne granice na Dunavu što je uslovilo do lociranja određenih vojnih formacija i formiranja stalnih i ostalih tipova vojnih logora.
Još u prvom veku n.e. Rimljani udaraju temelje logoru na mestu gde se sada nalazi niška tvrđava podignuta na desnoj obali Nišave kao jedan od fortifikacijskih tačaka za odbranu od varvarskih plemena koja tada počinju da doživljavaju ekspanziju. Rimsko utvrđenje je po svemu sudeći obuhvatalo mnogo veći prostor od današnje tvrđave. Pružalo se od ušća Nišave pa uz njenu obalu onda odatle do Humske čuke, Kamenice,Vinika preko Jagodin male nazad do obala Nišave. Tome u prilog govore mnogi artefakti i ostaci arhitekture koji su pronalaženi u više istarživačkih projekata ali i prilikom slučajnih pronalazaka najčešće kod izvođenja građevinskih radova u tom reonu. Na severoistočnom obodu Niša nalazi se visoravan Vinik nadmorske visine oko 400 m. Na njegovoj južnoj strani mogli su se videti sve do kraja XX veka ostaci vojnog utvrđenja, najverovatnije kastela. Ovo utvrđenje ima podzemni lagum koji ide u pravcu prema tvrđavi. Godine 1912. sudeći prema pojedinim izvorima istraživača, njime se moglo dospeti na svega 60 metara od Gradskog polja. Po svemu sudeći ovaj lagum je od kastela na Viniku dolazio do same tvrđave linijom preko gradskog polja gde se u jednom delu i danas nalazi splet nekoliko laguma od kojih jedan ima pravac prema Viniku. Pre II svetskog rata pokušavano je da se ovaj lagum ispita ali je zbog nedostatka sredstava potrebnih za adekvatnu zaštitu taj projekat propao.
O prisustvu rimskih legija na ovom prostoru postoje, osim arhitektonskih ostataka, u manjoj meri i artefakti, kao što je na primer jedna kaciga (caligae) pronađena u grobu na Viniku 1926 god. na čijem vrhu su bile oznake u obliku dve guske u letu. Nalazač je kacigu, na žalost, uništio a oznake predao muzeju. Zatim imamo na jednoj keramičkoj cevi koja je ostatak akvadukta, koji je vodio od sela Kamenice prema gradu, utisnut žig legio VII Claudia, što govori u prilog da je ona bila izvesno vreme stacionirana u Nišu. Tu je i beleška u „Notitia Dignitataum“ gde se u popisu navodi postojanje radionice za izradu vojne opreme (fabrica) pod upravom jednog magister officiorum a uporedo sa njom funkcionisala je i radionica za izradu predmeta od plemenitih metala officina (Notitia Dignitatum.Or.XI 37: Naissatensis).
Ovo sve daje sliku koja govori da je Naissus bio itekako važan vojni centar na koji se oslanjala ova rimska provincija. Ima dosta istraživača koji su tvrdili da su četvrta skitska (legio IV Skythica) i peta makedonska (Legio V Macedonica) bile stacionirane u Nišu za vreme vladavine Avgusta medjutim sudeći po P. Petroviću, naučniku koji je ceo svoj radni vek posvetio istraživanju antičkog Naissusa, ove tvrdnje nemaju svoje utemeljenje. Ono što ima relevantne dokaze u obliku arheološkog i etnograsfkog materijala je prisustvo pripadnika III i IV Aurelijeve kohorte. Prilikom kopanja temelja za jedan građevinski objekat u naselju Beograd mala u pojasu bliže Gradskom polju pronadjeni su ostaci kanalizacije ozidane opekom. Na pojedinim primercima opeke koja je opstala nadjena su i tri komada na kojima su bili urezani natpisi po kojima se vidi da su ih izradili pripadnici ove dve formacije. Takodje imamo potvrdjen boravak još jedne vojne jedinice a to je bataljion Daradanaca (Cohors II Aurelia Dardanorum) koji je bio organizovan kao teritorijalna milicija sa garnizonom u Nišu.Potvrda se nalazi na nadgrobnoj ploči izvesnog Gaja Julija Severa koji je inače pripadao I bataljonu (Cohors I aurelia Dardanorum) mada jje boravak ovog bataljona zabeležen u zapadnom delu Dardanije krajem II veka kada je prebačen u kastel kod Ravne blizu današnjeg Knjaževca a tada poznat pod imenom Timacum Minus.
Drugi bataljon Dardanaca formiran je u Nišu oko 169. god n.e. kao militaria jačine oko 1000 boraca i konjanika (equitata). Ova kohorta je bila taktička jedinica i novi element borbenog poretka formirana regrutovanjem lokalnog stanovništva u ulozi teritorijalne milicije.
S obzirom da je sigurno da je predstavljao i važno vojno središte provincije. O tome svedoči i nadgrobna ploča pronađena na Gradskom polju prilikom istraživanja. Na njoj stoji natpis „Jupiteru, najvećem i najboljem postavio je aru Marco Aurelije Posidonije decurion municipiuma Naissusa„.
Tako je početkom drugog veka na levoj obali Nišave formiran redut kvadratne osnove sa okruglim kulama koje su se nalazile u uglovima i koje su sklužile za odbrani mesta i na osnovu kojeg je Niš počeo da se razvija. Takođe se smatra da je Cohorta Dardanorum imala u ovom utvrđenju bazu sve do kasne antike. Osim ove jedinice sredinom II veka uočava se i veća prisutnost jedinica iz gornjomezijskih legija. Pre svega četvrte Flavijeve i Sedme Klaudijeve (Legio IV Flavia i Legio VII Claudia) što je evidentirano na brojnim spomenicima pre svega nadgrobnim ali i onima posvećenim božanstvima Jupiteru, Junoni i drugima.
Težnja da rimska imperija zadrži položaje i sačuva homogenost granice učinila je da Naissus bude stabilni rimski logor pre svega zbog svog startegijsko-geografskog položaja. Događaji na Dunavskom limesu direktno su uticali na vojno ustrojstvo u provinciji naročito u drugoj polovini I veka n.e kada dolazi do podele Moesie na gornju-Moesia superior i donju-Moesia inferior (86 god.). Od tada u stalnu postavu Gornjomezijskih jedinica ulaze dve legije VII Claudia i IV Flavia. Prva naselja formirana na ovim prostorima vezuju se za stanovništvo koje je egzistiralo na tim prostorima naročito od ušća Morave u Dunav pa do donjomezijske granice.
Na ovoj liniji ležalo je dosta utvrđenja i gradova od kojih su najznačajniji: Margum (Dubravica), Viminacium (Kostolac) i više manjih naselja i utvrđenja Landerata (Ram), Pincium (Veliko Gradište), Cuppae (Golubac) i Novae (Dobra). U ovim manjim naseljima i utvrđenjima nalazili su se manji delovi ove dve legije čija je primarna aktivnost bila izgradnja komunokacija koje su povezivale utvrđenja i mesta međusobno ali i puteve koji su vodili u susedne provincije naročito u Panoniju.
